CSS:

$doc = JFactory::getDocument();
$doc->addStyleSheet('modules/mod_module_name/css/reset.css');
$doc->addStyleSheet('modules/mod_module_name/css/css.css');

Скрипты:

$doc = JFactory::getDocument();
$doc->addScript(JURI::root(true) . "/modules/mod_module_name/js/script.js");

Общий синтаксис подключения JS:

$document = JFactory::getDocument();
$document->addScript(string $url, [string $type = "text/javascript"]);
$document->addScriptDeclaration(string $content, [string $type = 'text/javascript'])

Общий синтаксис подключения CSS:

$document = JFactory::getDocument();
$document->addStyleSheet (string $url, [string $type = 'text/css'], [string $media = null], [ $attribs = array()]);
$document->addStyleDeclaration (string $content, [string $type = 'text/css']);